在临床应用了30多年的紧急避孕药，降低了女性意外怀孕和流产的发生率，可以说是对广大女性的一种保护，但在性和道德问题上也引起了争论，甚至一直持续到现在。如今，由于紧急避孕是非处方药，导致了一些女性朋友过度依赖它进行避孕。引起了安全问题。
由于紧急避孕药主要有孕激素和抗孕激素两大类，很多人担心长期服用会增加患恶性肿瘤的风险。但是国外有研究发现，与未服用避孕药相比，口服避孕药总体癌症发病率降低12%，并且对卵巢癌和子宫体癌有预防作用，口服避孕药的使用时间与卵巢癌的发病率呈负相关，随着服药时间的延长，其预防效果也随之提升。
就乳腺癌而言，与未使用避孕药的人相比，二者发生乳腺癌的概率相似，换句话说，没有增加乳腺癌的风险。对于其它恶性肿瘤，有研究发现，服用复方口服避孕药8年的妇女大肠癌发病率降低40%。WHO还联合开展了复方口服避孕药与肝癌的研究，结果表明，服用避孕药不会增加患肝癌的风险。总体而言，暂时没有紧急避孕药被发现致癌。
尽管紧急避孕药不会增加患癌的风险，甚至也能降低某些癌症的几率，但仍然不建议长期服用。其不良反应较为明显，服用期间主要有恶心、呕吐、月经提前或延迟，一般停药后会自行消失。
但是长时间、频繁服用会增加异位妊娠的危险，有分析发现口服紧急避孕药会使异位妊娠的发生率提高2.45倍。与此同时，紧急避孕药通过干扰卵巢功能和子宫内膜发挥避孕作用，长期频繁使用可影响或抑制女性卵巢的正常排卵，甚至可导致女性内分泌紊乱、子宫出血及闭经。若为未婚未育少女，则可能导致不孕的严重后果。
因此，建议男女进行性生活时最好还是选择避孕套，既安全又不会对身体造成伤害，最重要的还是能够预防艾滋病的传播。
